Autrefois à la pointe, le système français nécessite d'être modernisé et rationalisé pour obtenir des résultats tangibles notamment en matière de biotechnologies et nanotechnologies.
La recherche française rencontre actuellement beaucoup trop d’obstacles matériels et humains pour pouvoir concurrencer les plus grands dans ce domaine, qui ont déjà opéré la mutation de leur système de recherche.
Laboratoires d’excellence, équipements de recherche, instituts hospitalo-universitaires, et valorisation de la recherche publique sont les grands enjeux de recherche que le Grand emprunt entend financer.